Notre histoire commence en CE 76; c'est à dire deux ans après la dernière guerre. Les Coordinateurs et les Naturels ont signé un nouveau traité, ce qui promis une paix durable. Mais cette paix ne dura, pour ainsi dire, pas car une nouvelle guerre est sur le point de commencer. Serpent Tail s'est fait connaitre au monde comme étant une organisation qui regroupe tous les êtres d'une nouvelle race, les Tails.

Les Tail ne possèdent pas de "SEED" mais le "HEROES" qui se déclenche dés qu'un soldat pilote un Mobile Suit. Ce mode permet aux pilotes de se lier à leur machine, et ainsi ne faire plus qu'un avec elle; ce qui les rend extrêmement agilent lors des combats. Le dirigeant de cette organisation a annoncé qu'il comptait éliminer Coordinateurs et Naturels, et créerait ainsi un monde uniquement constitué de Tail. N'importe qui peut être un Tail en se rendant à l'organisation et en recevant l'injection d'une nouvelle molécule mise au point par les scientifiques de Serpent Tail.

Vous l'aurez comprit, les Coordinateurs et les Naturels devront donc travailler ensemble pour combattre cette nouvelle menace, tout en sachant qu'ils ne peuvent oublier le passé. La question est, Coordinateurs et Naturels peuvent-ils éliminé, ensemble, l'organisation Serpent Tail ?